Belanda berhasil mengusai berbagai wilayah yang ada di Indonesia salah satunya adalah dengan menggunakan strategi devide et impera (adu domba). Belanda membela salah satu pihak yang bersengketa kemudian mengambil keuntungan dari konflik intern dalam sebuah wilayah. Kemudian Belanda memaksa untuk memonopoli perdagangan yang ada di Indonesia.

Tanggapan rakyat Indonesia dengan sikap Belanda kemudian dengan mengadakan berbagai perlawanan fisik. Ciri perjuangan bangsa Indonesia melawan Belanda sebelum abad ke-20 adalah:

Bersifat kedaerahan
Perjuangan berupa fisik
Tergantung pada pemimpin
Sering gagal karena berbagai kendala salah satunya persenjataan
Tidak adanya persatuan yang kuat sehingga mudah diadu domba
Bersifat sporadic yang artinya tidak terorganisir dengan baik
Belum ada tujuan yang jelas.

Berbagai perlawanan yang terjadi pada masa penjajahan Belanda antara lain:

Perang Paderi (1803 – 1838)

Perang Paderi merupakan perang yang dipimpin oleh Tuanku Imam Bonjol melawan pemerintah kolonial Belanda. Peristiwa ini berawal dari gerakan Paderi untuk memurnikan ajaran Islam di wilayah Minangkabau, Sumatra Barat. Perang ini dikenal dengan nama Perang Paderi karena merupakan perang antara kaum Paderi/kaum putih/golongan agama melawan kaum hitam/kaum Adat dan Belanda. Tokoh-tokoh pendukung kaum Paderi adalah Tuanku Nan Renceh, Tuanku Kota Tua, Tuanku Mensiangan, Tuanku Pasaman, Tuanku Tambusi, dan Tuanku Imam.

Jalannya Perang Paderi dapat dibagi menjadi 3 tahapan

Tahap I, tahun 1803 – Ciri perang tahap pertama ini adalah murni perang saudara dan belum ada campur tangan pihak luar, dalam hal ini Belanda. Perang ini mengalami perkembangan baru saat kaum Adat meminta bantuan kepada Belanda. Sejak itu dimulailah Perang Paderi melawan Belanda.
Tahap II, tahun 1822 – Tahap ini ditandai dengan meredanya pertempuran karena Belanda yang makin melemah berhasil mengadakan perjanjian dengan kaum Paderi. Pada tahun 1825, berhubung dengan adanya perlawanan Diponegoro di Jawa, pemerintah Hindia Belanda dihadapkan pada kesulitan baru. Kekuatan militer Belanda terbatas, dan harus menghadapi dua perlawanan besar yaitu perlawanan kaum Paderi dan perlawanan Diponegoro. Oleh karena itu, Belanda mengadakan perjanjian perdamaian dengan Kaum Paderi. Perjanjian tersebut adalah Perjanjian Masang (1825) yang berisi masalah gencatan senjata di antara kedua belah pihak. Setelah Perang Diponegoro selesai, Belanda kembali menggempur kaum Paderi di bawah pimpinan Letnan Kolonel Ellout tahun 1831. Kemudian, disusul juga oleh pasukan yang dipimpin Mayor Michiels.
Tahap III, tahun 1832 – Perang pada tahap ini adalah perang semesta rakyat Minangkabau mengusir Belanda. Sejak tahun 1831 kaum Adat dan kaum Paderi bersatu melawan Belanda yang dipimpin oleh Tuanku Imam Bonjol.

Pada tanggal 16 Agustus 1837 jam 8 pagi, Bonjol secara keseluruhan diduduki Belanda. Tuanku Imam mengungsi ke Marapak. Pertempuran itu berakhir dengan penangkapan Tuanku Imam, yang langsung dibawa ke Padang. Selanjutnya atas perintah Letkol Michiels, Tuanku Imam diasingkan ke Cianjur, Jawa Barat pada tahun 1838. Kemudian pada tahun1839 dipindah ke Ambon. Tiga tahun kemudian dipindah ke Manado sampai meninggal pada tanggal 6 November 1964 pada usia 92 tahun.

Perlawanan Patimura terhadap Belanda

Ketika Belanda kembali berkuasa di Maluku pada tahun 1817, monopoli diberlakukan lagi. Diberlakukan lagi sistem ekonomi uang kertas yang sangat dibenci dan keluar perintah sistem kerja paksa (rodi). Belanda tampaknya juga tidak mau menyokong dan memerhatikan keberadaan gereja Protestan dan pengelolaan sekolah- sekolah protestan secara layak. Inilah penyebab utama meletusnya Perang Maluku yang dipimpin Kapitan Pattimura. Pada tanggal 15 Mei 1817, pasukan Pattimura mengadakan penyerbuan ke Benteng Duurstede. Dalam penyerangan tersebut, Benteng Duurstede dapat diduduki oleh pasukan Pattimura bahkan residen van den Berg beserta keluarganya tewas.

Tentara Belanda yang tersisa dalam benteng tersebut menyerahkan diri. Dalam penyerbuan itu, Pattimura dibantu oleh Anthonie Rheebok, Christina Martha Tiahahu, Philip Latumahina, dan Kapitan Said Printah. Berkat siasat Belanda yang berhasil membujuk Raja Booi, pada tanggal 11 November 1817, Thomas Matulessy atau yang akrab dikenal dengan gelar Kapitan Pattimura berhasil ditangkap di perbatasan hutan Booi dan Haria.

Akhirnya vonis hukuman gantung dijatuhkan kepada empat pemimpin, yaitu Thomas Matullessy atau Kapitan Pattimura, Anthonie Rheebok, Said Printah, dan Philip Latumahina. Eksekusi hukuman gantung sampai mati dilaksanakan pada pukul 07.00 tanggal 10 Desember 1817 disaksikan rakyat Ambon.

Perlawanan Diponegoro terhadap Belanda

Sebelum Perang Diponegoro meletus, terjadi kekalutan di Istana Yogyakarta. Ketegangan mulai timbul ketika Sultan Hamengku Buwono II memecat dan menggeser pegawai istana dan bupati-bupati yang dahulu dipilih oleh Sultan Hamengku Buwono I. Kekacauan dalam istana semakin besar ketika mulai ada campur tangan Belanda. Tindakan sewenang-wenang yang dilakukan Belanda menimbulkan kebencian rakyat. Kondisi ini memuncak menjadi perlawanan menentang Belanda.

Sebab-sebab umum perlawanan Diponegoro.

Kekuasaan Raja Mataram semakin lemah, wilayahnya dipecah- pecah.
Belanda ikut campur tangan dalam urusan pemerintahan dan pengangkatan raja pengganti.
Kaum bangsawan sangat dirugikan karena sebagian besar sumber penghasilannya diambil alih oleh Belanda. Mereka dilarang menyewakan tanah bahkan diambil alih haknya.
Adat istiadat keraton menjadi rusak dan kehidupan beragama menjadi merosot.
Penderitaan rakyat yang berkepanjangan sebagai akibat dari berbagai macam pajak, seperti pajak hasil bumi, pajak jembatan, pajak jalan, pajak pasar, pajak ternak, pajak dagangan, pajak kepala, dan pajak tanah.

Hal yang menjadi sebab khusus perlawanan Pangeran Diponegoro adalah adanya rencana pembuatan jalan yang melalui makam leluhur Pangeran Diponegoro di Tegalrejo. Dalam perang tersebut, Pangeran Diponegoro mendapatkan dukungan dari rakyat Tegalrejo, dan dibantu Kyai Mojo, Pangeran Mangkubumi, Sentot Alibasyah Prawirodirjo, dan Pangeran Dipokusumo.

Pada tanggal 20 Juli 1825, Belanda bersama Patih Danurejo IV mengadakan serangan ke Tegalrejo. Pangeran Diponegoro bersama pengikutnya menyingkir ke Selarong, sebuah perbukitan di Selatan Yogyakarta. Selarong dijadikan markas untuk menyusun kekuatan dan strategi penyerangan secara gerilya. Agar tidak mudah diketahui oleh pihak Belanda, tempat markas berpindah-pindah, dari Selarong ke Plered kemudian ke Dekso dan ke Pengasih. Perang Diponegoro menggunakan siasat perang gerilya untuk melakukan perlawanan terhadap Belanda.

Berbagai upaya untuk mematahkan perlawanan Pangeran Diponegoro telah dilakukan Belanda, namun masih gagal. Siasat Benteng stelsel (sistem Benteng) yang banyak menguras biaya diterapkan juga. Namun sistem benteng ini juga kurang efektif untuk mematahkan perlawanan Diponegoro. Jenderal De Kock akhirnya menggunakan siasat tipu muslihat melalui perundingan. Pada tanggal 28 Maret 1830, Pangeran Diponegoro bersedia hadir untuk berunding di rumah Residen Kedu di Magelang.

Dalam perundingan tersebut, Pangeran Diponegoro ditangkap dan ditawan di Semarang dan dipindah ke Batavia. Selanjutnya pada tanggal 3 Mei 1830 dipindah lagi ke Manado. Pada tahun 1834 pengasingannya dipindah lagi ke Makassar sampai meninggal dunia pada usia 70 tahun tepatnya tanggal 8 Januari 1855.

Perang Puputan Jagaraga di Bali

Pada tahun 1844, sebuah kapal dagang Belanda kandas di daerah Prancak (daerah Jembara), yang saat itu berada di bawah kekuasaan Kerajaan Buleleng. Kerajaan-kerajaan di Bali termasuk Buleleng pada saat itu memberlakukan hak tawan karang. Dengan demikian, kapal dagang Belanda tersebut menjadi hak Kerajaan Buleleng. Pemerintah kolonial Belanda memprotes Raja Buleleng yang dianggap merampas kapal Belanda, namun tidak dihiraukan. Insiden inilah yang memicu pecahnya Perang Bali, atau dikenal juga dengan nama Perang Jagaraga.

Belanda melakukan penyerangan terhadap Pulau Bali pada tahun 1846. Yang menjadi sasaran pertama dan utama adalah Kerajaan Buleleng. Patih I Gusti Ktut Jelantik beserta pasukan menghadapi serbuan Belanda dengan gigih. Pertempuran yang begitu heroik terjadi di Jagaraga yang merupakan salah satu benteng pertahanan Bali.

Belanda melakukan serangan mendadak terhadap pasukan Bali di benteng Jagaraga. Dalam pertempuran tersebut, pasukan Bali tidak dapat menghalau pasukan musuh. Akhirnya pasukan I Gusti Ktut Jelantik terdesak dan mengundurkan diri ke daerah luar benteng Jagaraga.

Waktu benteng Jagaraga jatuh ke pihak Belanda, pasukan Belanda dipimpin oleh Jenderal Mayor A.V. Michiels dan sebagai wakilnya adalah van Swieten. Raja Buleleng dan patih dapat meloloskan diri dari kepungan pasukan Belanda menuju Karangasem. Setelah Buleleng secara keseluruhan dapat dikuasai, Belanda kemudian berusaha menaklukkan kerajaan-kerajaan lainnya di Pulau Bali.

Ternyata perlawanan sengit dari rakyat setempat membuat pihak Belanda cukup kewalahan. Perang puputan pecah di mana-mana, seperti Perang Puputan Kusamba (1849), Perang Puputan Badung (1906), dan Perang Puputan Klungkung (1908).

Perlawanan Kerajaan Aceh terhadap Belanda

Penandatanganan Traktat Sumatra antara Inggris dan Belanda pada tahun 1871 membuka kesempatan kepada Belanda untuk mulai melakukan intervensi ke Kerajaan Aceh. Belanda menyatakan perang terhadap Kerajaan Aceh karena Kerajaan Aceh menolak dengan keras untuk mengakui kedaulatan Belanda. Inilah awal pertempuran terjadi antara pasukan Aceh dengan sebagian tentara Belanda yang mulai mendarat di Aceh.Dalam pertempuran itu pasukan Aceh mundur ke kawasan Masjid Raya. Pasukan Aceh tidak semata-mata mundur tapi juga sempat memberi perlawanan sehingga Mayor Jenderal Kohler sendiri tewas. Dengan demikian, Masjid Raya dapat direbut kembali oleh pasukan Aceh.

Daerah-daerah di kawasan Aceh bangkit melakukan perlawanan. Para pemimpin Aceh yang diperhitungkan Belanda adalah Cut Nya’Din, Teuku Umar, Tengku Cik Di Tiro, Teuku Ci’ Bugas, Habib Abdurrahman, dan Cut Mutia. Belanda mencoba menerapkan siasat konsentrasi stelsel yaitu sistem garis pemusatan di mana Belanda memusatkan pasukannya di benteng-benteng sekitar kota termasuk Kutaraja. Belanda tidak melakukan serangan ke daerah-daerah tetapi cukup mempertahankan kota dan pos-pos sekitarnya. Namun, siasat ini tetap tidak berhasil mematahkan perlawanan rakyat Aceh.

Kegagalan-kegagalan tersebut menyebabkan Belanda berpikir keras untuk menemukan siasat baru. Untuk itu, Belanda memerintahkan Dr. Snouck Hurgronje yang paham tentang agama Islam untuk mengadakan penelitian tentang kehidupan masyarakat Aceh. Dr. Snouck Hurgronje memberi saran dan masukan kepada pemerintah Hindia Belanda mengenai hasil penyelidikannya terhadap masyarakat Aceh yang ditulis dengan judul De Atjehers. Berdasarkan kesimpulan Dr. Snouck Hurgronje pemerintah Hindia Belanda memperoleh petunjuk bahwa untuk menaklukkan Aceh harus dengan siasat kekerasan.

Pada tahun 1899, Belanda mulai menerapkan siasat kekerasan dengan mengadakan serangan besar-besaran ke daerah-daerah pedalaman. Serangan-serangan tersebut dipimpin oleh van Heutz. Tanpa mengenal peri- kemanusiaan, pasukan Belanda membinasakan semua penduduk daerah yang menjadi targetnya.

Satu per satu pemimpin para pemimpin perlawanan rakyat Aceh menyerah dan terbunuh. Dalam pertempuran yang terjadi di Meulaboh, Teuku Umar gugur. Jatuhnya Benteng Kuto Reh pada tahun 1904, memaksa Aceh harus menandatangani Plakat pendek atau Perjanjian Singkat (Korte Verklaring).

Biar pun secara resmi pemerintah Hindia Belanda menyatakan Perang Aceh berakhir pada tahun 1904, dalam kenyataannya tidak. Perlawanan rakyat Aceh terus berlangsung sampai tahun 1912. Bahkan di beberapa daerah tertentu di Aceh masih muncul perlawanan sampai menjelang Perang Dunia II tahun 1939.